COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 15.126606
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 15.272460
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.360529
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.336801 15.419567
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 15.660183
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 15.872171
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.045652

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 11.140647
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 11.336382
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 11.576244
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.656320
2021-04-19 17:00:00 17.604356 6.036092 11.502716
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 11.767994
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.019727

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.865291
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 22.174633
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.477343 22.575914
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 22.865322
2021-04-19 17:00:00 20.796460 22.686946 22.575231
2021-04-18 17:00:00 25.978648 18.527919 23.093045
2021-04-17 17:00:00 24.215247 24.215247 23.320064

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 15.605014 11.780507 13.615098
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 13.938401
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.305239 14.153282
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 14.360964
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.320425 14.867695
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 15.371929
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 15.672122

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 11.522746
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 11.643145
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 11.801030
2021-04-20 17:00:00 15.835671 11.346690 12.007872
2021-04-19 17:00:00 18.620882 8.788747 12.282594
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.448006
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 12.652881

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 29.575354
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 30.351468
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 30.248294
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.447109
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 30.988501
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 31.519832
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 32.377860

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 10.238943
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 10.480309
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 10.637468
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 10.597437
2021-04-19 17:00:00 7.878788 7.878788 10.662387
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 10.781336
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 11.132827

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.603215
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.629024
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.607410
2021-04-20 17:00:00 4.873428 6.425978 6.613234
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.180641 6.576220
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.129664 6.661833
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.714963

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.671664
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 12.834942
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 12.997015
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.934288
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.744589 13.035228
2021-04-18 17:00:00 15.677966 15.677966 13.211802
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.404200

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 18.651168
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 19.480113
2021-04-21 17:00:00 14.016191 22.405219 20.164508
2021-04-20 17:00:00 12.128695 12.128695 21.065272
2021-04-19 17:00:00 12.798425 26.138321 21.894657
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 22.682682
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 23.637199

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 12.807886
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 12.812542
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 12.942896
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 12.865792
2021-04-19 17:00:00 13.550940 6.380997 12.470112
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 12.578942
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 12.727507

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 6.497586
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 6.656405
2021-04-21 17:00:00 4.567541 7.866109 6.728278
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.653466
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.731161
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.716560
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 6.865863

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.754026
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.507859
2021-04-21 17:00:00 9.298532 9.298532 5.322909
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 5.237867
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.816327 5.130001
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 5.137803
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 5.110429

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 39.326881
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 39.482176
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 39.801776
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 40.067499
2021-04-19 17:00:00 16.455696 37.022133 40.031628
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 40.177348
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 40.147151

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 16.244917
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 16.332632
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 16.500226
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 16.439574
2021-04-19 17:00:00 39.528193 11.002562 16.171000
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.138355 16.460398
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 16.563663

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 42.746468
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 42.682794
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 42.358254
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 42.266908
2021-04-19 17:00:00 16.030744 37.963217 41.636798
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 41.123415
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 41.156871

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.447085
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.353936
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.187715
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.158916
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.477025 9.208414
2021-04-18 17:00:00 11.097060 11.097060 9.220185
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.275204

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.021392
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.187366
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.307247
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.395492
2021-04-19 17:00:00 15.926819 11.364096 12.530300
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 12.705389
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 12.850907

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.473970
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.656160
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 11.872155
2021-04-20 17:00:00 9.274194 9.274194 12.000805
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.348287 11.975328
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 12.179791
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 12.313933

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 20.120120 20.120120 15.993543
2021-04-22 17:00:00 17.070218 17.070218 15.918525
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 16.090711
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.948627
2021-04-19 17:00:00 9.333333 15.896359 15.995592
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 16.246985
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 16.491200

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 26.370489
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 27.038069
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 27.774219
2021-04-20 17:00:00 14.893617 14.893617 27.600554
2021-04-19 17:00:00 75.280899 75.280899 28.167993
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 28.220468
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 28.781163

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-23 17:00:00 73.352232 28.414550 26.363232
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 26.181935
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 25.979226
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 25.756435
2021-04-19 17:00:00 21.971706 41.335102 25.534624
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 25.389459
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 25.031918

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.421586 9.421586 11.140647
Basilicata 23.020706 23.020706 21.865291
Calabria 15.605014 11.780507 13.615098
Campania 12.517474 12.517474 11.522746
Emilia-Romagna 30.812169 30.812169 29.575354
Friuli Venezia Giulia 12.133072 12.133072 10.238943
Lazio 7.096362 7.096362 6.603215
Liguria 13.909774 13.909774 12.671664
Lombardia 15.063746 15.063746 18.651168
Marche 14.386584 14.386584 12.807886
Molise 3.356890 3.356890 6.497586
P.A. Bolzano 5.919854 5.919854 5.754026
P.A. Trento 37.065637 37.065637 39.326881
Piemonte 18.421053 18.421053 16.244917
Puglia 59.243697 59.243697 42.746468
Sardegna 8.800264 8.800264 9.447085
Sicilia 9.869468 9.869468 12.021392
Toscana 10.783787 10.783787 11.473970
Umbria 20.120120 20.120120 15.993543
Valle d'Aosta 27.607362 27.607362 26.370489
Veneto 73.352232 28.414550 26.363232

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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